La CFNP établit des expertises et des avis destinés aux autorités et aux tribunaux. Une expertise est impérative lorsque qu'un projet pourrait porter atteinte à des objets protégés par la Confédération.

Ces objets figurent dans les inventaires fédéraux suivants:

Paysages, sites et monuments naturels d'importance nationale - L'Inventaire fédéral des paysages, sites et monuments naturels d'importance nationale (IFP) contient 161 objets représentant une superficie d'environ 7806 km2, ce qui correspond à 19 % du territoire de la Suisse.

Sites construits à protéger - Une fois achevé, l'Inventaire des sites construits à protéger en Suisse (ISOS) comprendra environ 6000 sites (villes, villages et hameaux) comparables entre eux, recensés dans les quelques 3000 communes de Suisse.

Voies de communication historiques de la Suisse – l’Inventaire fédéral des voies de communication historiques de la Suisse (IVS) a été créé afin de conserver les voies de communication historiques de la Suisse. L'IVS répertorie les voies de communication d’importance nationale dont la signification ou la substance historique est exceptionnelle (env. 3750 km). Ces voies de communication font l’objet d’une protection particulière.